أثيرت تساؤلات هامة حول تطبيق نظام الكوتة على طلبة الشهادات المعادلة (الوافدين من الخارج) ، حيث طبقه مكتب التنسيق في تنسيق الشهادات المعادلة السنة الماضية مما أدى لارتفاع الحدود الدنيا، و ردود أفعال طلابية مختلفة إزاء تطبيقه.
وأكد أدمن صفحة الحكومة المصرية، لشبكة "رصد " الإخبارية على تطبيق ذلك النظام على طلبة الشهادات المعادلة دفعة السنة الجارية، فيما يقول" عمر الصاوي "،أحد طلبة الدفعة الماضية من طلبة الشهادات المعادلة ومنظم حملة إلغاء التحصيلي، لشبكة "رصد" الإخبارية" عانين كثيرًا من تطبيق نظام الكوته، مما أضطرنا للتظاهر أمام وزارة التعليم العالي، والضغط على الوزير حتى تم إلغائه والعمل بنفس نظام كل سنة وهو النظام العادي في تنسيق المغتربين ، حيث لكل كلية نسبة خاصة بها".
ويعرف نظام الكوتة بأنه نظام يلغي نظام تنسيق الأقاليم ويجعل كل رغبة يكتبها الطالب لها نسبة محددة بمعنى أن كليات الطب على سبيل المثال تأخذ مجموع 99% في جميع محافظات الجمهوية ويجعل بعض الكليات التي تأخذ مجاميع أقل في الاعتبار تأخذ بنفس مستوى وكفاءة الكليات الأخرى ، وهذا يسبب عدم انصاف لجميع الطلبة المغتربين خاصة أن هذا النظام لم يطبق سوى السنة الماضية.
