بدأ الصدام مبكرًا بين هيئة المحكمة و الرئيس مرسي في أول جلسات المحاكمة التي وصفت بـ"الهزلية" خلال حوار شهد شد وجذب بينهم بداية برفض الرئيس ارتداء زي الحبس الاحتياطي أولا ثم تحميل الأول القضاء مسؤولية اختطافه ومنعه من ممارسة عمله.
وبحسب القانون فإن يحق للمحبوس احتياطيًا أن يظهر مبلابسه العادية وإن المحكمة قد يحق لها في بعض الحالات إلزام المحبوس احتياطي بملابس معينة إلا أن بعض محامي الرئيس رأوا أن المحكمة باستعجالها طلب ذلك خلقت مناخ من التوتر بينها وبين الرئيس.
وفي سياق متصل آثار اسم المستشار أحمد صبري، رئيس هيئة المحكمة المخولة بنظر قضايا الرئيس مرسي جدلًا واسعًا نظرًا لأنه سبق له أن تولي قضيتين لجماعة الإخوان المسلمين هما "قضية الحارس الشخصي لخيرت الشاطر" نائب مرشد جماعة الإخوان المسلمين، والتي حكم فيها علي المتهم بـسنة مع الشغل لاتهامه بحيازة سلاح بدون ترخيص. وكذلك قضية اتهام 5 من أعضاء جماعة الإخوان بتعذيب أحد الباعة الجائلين أثناء اعتصام رافضي الانقلاب في منطقة "رابعة العدوية"، شرقي القاهرة، والتي تراجع فيها البائع عن اتهامة لأعضاء الإخوان، وقال إنهم من خلصوه من أيدي آخرين قاموا بتعذيبه، وإن أحد ضباط الشرطة هو من طلب منهم اتهام "الإخوان".
وعرف القاضي أحمد صبري بنظره قضية محاكمة الفريق أحمد شفيق، المرشح الرئاسى الهارب، والمهندس إبراهيم مناع، وزير الطيران المدنى السابق، وتوفيق محمد عاصى، الرئيس السابق للشركة القابضة لمصر للطيران، فى قضية اتهامهم بالاستيلاء وتسهيل الاستيلاء على المال العام، فى قطاع الطيران المدنى، والتى أصدرت المحكمة فيها حكمًا بالبراءة.
وقد يكون الحكم ببراءة أحمد شفيق وسجن حارس الشاطر فضلًا عن اسناد القضايا المتعلقة بالإخوان دومًا له مسوغًا كافي لاستسعار هيئة المحكمة الحرج وهو يتشابه مع ما حدث في قضية محاكمة المخلوع حسني مبارك حين استشعر المستشار مصطفى حسن عبد الله، رئيس محكمة جنايات القاهرة وهيئة محكمته الحرج عن نظر القضية والذي أرجعه البعض لكونه القاضى الذى حكم بالبراءة على جميع المتهمين فى قضية قتل المتظاهرين بموقعة الجمل.
وبحسب فقهاء الدستور يستشعر القاضي الحرج حين يكون بين القاضى وأحد الخصوم مودة أو بغضاء تجعله لا يؤمن بعدم الحيادية، مثل أن قد أفتى أو ترافع عن أحد الخصوم أو كتب في تلك القضية أو سبق له نظرها كقاض أو خبير.
فهل بعد الصدام بين الرئيس والقضاء في أول جلسات المحاكمة في ظل جدل واسع يثيره اسم رئيس هيئة المحكمة التي تنظر القضية قد يدفعها إلي استشعار الحرج في نظر القضية؟