قامت قوات أمن الانقلاب في سجن طرة، بالتعدي على طلاب جامعة الأزهر المعتقلين، بالضرب بالعصي، والصعق بالكهرباء، والتعدي عليهم بالسباب، من قبل قوات فض الشغب التي استدعت لتعذيبهم، جاء ذلك على لسان أهالي المعتقلين أثناء زيارة ذويهم، والذي أدي إلى إصابة المعتقلين بالجروح والكدمات.
جدير بالذكر أن محكمة جنايات القاهرة المنعقدة بمعهد أمناء الشرطة بطرة برئاسة المستشار صلاح رشدي، قضت بالحبس لـ 14 طالب أزهري، بالسجن المشدد لمدة 7 سنوات، كما قضت بالحبس لمدة عام مع ايقاف التنفيذ متهمين وبراءة اثنين، وثلاث سنوات لثمانية متهمين قصر، كما قضت بحبس متهماً خمس سنوات. وتم ترحيلهم إلي سجن طرة.
يذكر أن الطلاب المحكوم عليهم بـ 7 سنوات هم "أحمد إبراهيم الدسوقي، وإيهاب محمد منير، وسيف الله محمد، ومحمود محمد، والحسيني محمد، ومحمود هيثم، وكريم أحمد، ومحمد السعيد، ومحمد ياسين، ومعتصم ياسين، وأحمد مسعد، وعمرو عبد الحكيم، ومحمد السعدني، وإيهاب حسن صالح".
أما الطالبان "عبد الرحمن طارق، وعمر عبد الحميد" فأخذا براءة، كما تم معاقبة "عبد الرحمن محمد، ومهند عمرو" سنة واحدة مع الإيقاف، و3 سنوات لكل من: -" يوسف أحمد، ومحمد سيد، وعبد الرحمن إبراهيم، وأحمد شوقي، ومصطفى عبد الناصر، ومحمد الدسوقي، ومحمد أحمد، وعبد الله يحيى، وأحمد صفوت، وعبد الرحمن طارق".
كما قد وجهت لهم تهم "التجمهر، واستعراض القوة والعنف ضد المواطنين، والاعتداء على العاملين بالأزهر، وكذلك تخريب المبنى الإداري بالجامعة لإشاعة الفوضى".