أكدت صحيفة هاآرتس الصهيونية أن الدبلوماسية الصهيونية تعيش حالة غضب بسبب قيام منظمة الأمم المتحدة للتربية والعلم والثقافة "اليونسكو"، منح الجامعة الإسلامية في قطاع غزة مقعداً فيها والاعتراف بها كمؤسسة تعليمية رائدة ومتقدمة، ومنها شرعية ودعم دولي.
وحملت وزارة الخارجية الإسرائيلية مديرة اليونسكو "بوكويا" كامل المسئولية عن هذا القرار، واعتبرت أن التعاون مع الجامعة الإسلامية هو جزء من الحملة التي تديرها "بوكويا" من أجل انتخابها لرئاسة اليونسكو لفترة ثانية خلال انتخابات اليونسكو التي ستجري في عام 2013.
وزعم "نمرود باركوا" السفير الإسرائيلي في المنظمة، خلال لقائه مع مسئولين في اليونسكو أن الجامعة الإسلامية مؤسسة تساعد (الإرهاب) وهي متورطة في أعمال (إرهابية)، متهماً كلية الهندسة الكيميائية في الجامعة الإسلامية بتخريج الكثير من المهندسين الذين وضعوا أنفسهم في خدمة الجناح العسكري لحماس وساعدوا في إنتاج صواريخ وعبوات ناسفة .
جدير بالذكر أن سلاح الجو الإسرائيلي خلال عملية الرصاص المصبوب على قطاع غزة استهدف الجامعة بادعاء أنها كانت تحتوي على معامل وورش لإنتاج الصواريخ والمواد المتفجرة.
