كشف تقرير الجهاز المركزى للمحاسبات لعام ٢٠١٣ عن أن نسبة العجز التجاري في هيئة السكك الحديدية بلغت ملياري جنيه تقريبا بزيادة نحو ٤٥٠ مليون جنيه عن عام ٢٠١٢.
كما ذكر التقرير عن أن مكافآت شرطة النقل والمواصلات بلغت ٥٣ مليون جنيه، بينما وصل إجمالى فواتير كبار المسئولين في الهيئة ٢ مليون و٣٩٨ ألف جنيه، في حين حصل ١٠ خبراء إيطاليين على المعاش على ٢٨ مليون جنيه في صورة أجور.
وانتقد التقرير، الذي نشرته "المصري اليوم "، التقصير والإهمال وغياب المسئولية ما أدى إلى ضياع المليارات على السكك الحديدية؛ تمثلت في توقف ٨٠ جرارا إسبانيا وأمريكيا بقيمة ٢ مليار جنيه، والتعدي على نحو ٥ ملايين متر مربع من أراضي السكة الحديد، كما انتقد شراء الهيئة قطع غيار بقيمة ١٨٠ مليون جنيه بالأمر المباشر، مطالبا بوقف هذه العمليات فورا ومحاسبة المسئولين عنها، في الوقت الذي اعترفت فيه الهيئة بأن عمليات الشراء جاءت بأوامر من وزير النقل «حاتم عبد اللطيف» في فترة حكم الإخوان.
وطالب التقرير الهيئة بضرورة بحث أسباب تدهور الإيرادات وزيادة المصروفات، في الوقت الذي أرجعت فيه الهيئة تفاقم المشكلة إلى زيادة المصروفات والظروف الأمنية التي مرت بها البلاد.
كما كشف التقرير عن وجود تقصير وإهمال في عدد من قطاعات بأصول السكة الحديد البالغ قيمتها نحو 22 مليارا و735 مليون جنيه، ما أدى إلى عدم الاستدلال على معدات وأموال تجاوزت مئات الملايين تعود لأعوام سابقة عجزت السكة الحديد عن إثباتها أثناء الجرد والكشف السنوي الذي يقوم به الجهاز، ووجه الجهاز انتقادا لخسائر الشركات التي قامت السكة الحديد بتأسيسها، والتي من المفترض أن تحقق مكاسبا على تقليل خسائر الهيئة.
وأشار التقرير إلى أنه أثناء عمليات الجرد التي قام بها الجهاز للأصول الثابتة في السكة الحديد، وجد بعض أوجه القصور التي شابت أعمال لجان الجرد ترتب عليها عدم التحقق من الوجود الفعلي لبعض أصول هيئة السكة الحديد الثابتة في 30 يونيو 2013 نتيجة عدم استدلال لجان الجرد التابعة للجهاز على بعض هذه المفردات، ومنها أن هناك أصولا موجودة على أجهزة الحاسب الآلى بلغت قيمتها 5 ملايين و118 ألف جنيه، ولكنها غير موجودة على أرض الواقع ولم يستدل عليها بقطاعى البنية التحتية والخدمات المشتركة، وطالب الجهاز ببحث أسباب ذلك وإجراء التصويب، وجاء رد السكة الحديد أنه جار حصر هذه الأصول، فضلا عن وجود بعض الماكينات والمعدات التي تم توريدها واستلامها قبل 30 يونيو 2013 وغير مدرج قيمتها بكشوف الحاسب الآلى وبلغ قيمتها 10 ملايين يورو
