أثارت تبعية القضاء العسكرى أزمة جديدة بالجمعية التأسيسية لوضع الدستور؛ حيث رفض أعضاء اللجنة القضائية بالجمعية التأسيسية مقترح اللواء ممدوح شاهين ممثل المؤسسة العسكرية بنقل تبعية القضاء العسكرى إلى القضاء الطبيعى وإدراجه فى باب السلطة القضائية، الأمر الذى دفع اللواء ممدوح شاهين إلى الانسحاب من اللجنة القضائية.
من جانبه قال الدكتور محمود غزلان –عضو الجمعية التأسيسية –: إن الغرض من رفض المقترح هو إلغاء سلطة القضاء العسكرى على المدنيين، مشيرا أن نقل تبعية القضاء العسكرى إلى القضاء الطبيعى يفتح باب إمكانية عرض مدنيين على القضاء العسكرى، الأمر الذى عانينا منة لفترات طويلة.
وفى سياق متصل قال محمد محيى الدين – مقرر لجنة نظام الحكم بالتأسيسية-: إن الدستور الجديد سيحتوى لأول مرة على جميع الجوانب الفنية المتعلقة بالقوات المسلحة من التسليح والتعبئة والتجنيد وعدم ترك الأمر للقوانين التى يمكن أن تخالف مبادئ الدستور.
وأضاف فى تصريحات صحفية أن النظام الجديد يتجه إلى جعل رئيس الجمهورية هو القائد الأعلى للقوات المسلحة، وهو من يتولى اختيار وزير الدفاع.
